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Das von Ernst Haeckel begründete Phyletische Museum ist eine weltweit einzigartige Institution. Von Anbeginn ist es nicht nur ein naturkundliches Museum sondern vor allem eine Stätte, an der die Entwicklung des Lebens anschaulich dargestellt wird. Phylogenese (Stammesgeschichte) und Evolutionstheorie sind bis heute zusammen mit der Begegnung von Kunst und Natur die Hauptthemen unseres Museums. Das Jugendstil-Gebäude, ein Kulturdenkmal, trägt im Giebelfeld die von Haeckel in Jena geprägtein Begriffe Ontogenie und Phylogenie.
Das Phyletische Museum wurde aus Stiftungsgeldern errichtet, die Grundsteinlegung erfolgte an Goethes Geburtstag, dem 28. August 1907. Am 30.7.1908 übergab Haeckel das Gebäude der Universität anlässlich deren 350-jährigem Bestehen. Heute ist das Museum Teil des Institutes für Spezielle Zoologie und Evolutionsbiologie der Universität Jena. Es beherbergt umfangreiche zoologisch-paläontologische Sammlungen mit über 500.000 Stücken. Die Sammlungsgeschichte geht bis in das 18. Jahrhundert zurück. Aus der Zeit, als Goethe (1749–1832) Leiter der anatomisch-zoologischen Sammlung war, finden sich heute noch originale Stücke.
Das Phyletische Museum zählt jährlich über 300 Schulklassen und 20.000 Besucher. Dank der Unterstützung vieler Förderer konnten seit 1995 mehr als 20 Sonderausstellungen präsentiert werden.
